2012年5月，經北京市科學技術委員會批準“北京市蛋白功能肽工程技術研究中心”正式掛牌成立。北京市蛋白功能肽工程技術研究中心是以中國食品發酵工業研究院有限公司為依托單位，北京同仁堂健康藥業股份有限公司和北京中食海氏生物技術有限公司為共建單位共同組建，國內首個從事蛋白功能肽研發的科技創新平臺，平臺下設生產制造中心、基礎研究中心、營養支持與評價中心。從基礎研究、工藝與工程化研究、產品研發、功能性研究、功能性成分分離鑒定和營養支持與評價等方面全方位為客戶提供系統化服務。中心涉及領域涵蓋天然蛋白資源綜合利用、食源性功能肽研制、體外功能評價、功效成分結構鑒定、肽類終端產品開發、工業化生產技術研究、產品技術標準建立，旨在構建面向農產品加工、食品工業及傳統醫藥等行業的天然蛋白資源的深度加工、高值利用技術研發平臺，實現低值農林資源的高值化利用，促進我國傳統醫藥、營養保健食品的升級換代。

北京市蛋白功能肽工程技術研究中心旨在構建面向農產品加工、食品工業及傳統醫藥等行業的天然蛋白資源的深度加工、高值利用技術研發平臺，涉及領域涵蓋天然蛋白資源綜合利用、食源性功能肽研制、體外功能評價、功效成分結構鑒定、肽類終端產品開發、工業化生產技術研究、產品技術標準建立，致力于實現低值農林資源的高值化利用，促進我國傳統醫藥、營養保健食品的升級換代。中心主持制定了國內首部食源性功能肽原料國家標準和行業標準。工程中心與美國哈佛大學、梅奧醫學研究所、日本理化學研究所、東京大學、京都大學、大阪大學、北京大學等國內外頂尖科研機構單位構建了基礎研究合作平臺，同時與美國安利、日本衛材、荷蘭帝斯曼、德國默克等多家國際大型企業結成戰略合作伙伴關系，部分肽產品已出口美國、日本等國家。代表性產品主要有：海洋魚皮膠原低聚肽、海洋魚骨膠原低聚肽、玉米低聚肽、小麥低聚肽、大豆肽、酪蛋白肽及相關食源性低聚肽鰲合礦物元素等產品。2016年，北京市蛋白功能肽工程技術研究中心經北京市科委績效考核被評為“優秀”，在公共安全領域排名第1，總排名為9/127。   

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