在剛剛閉幕的2013年度國家科技獎勵大會上，中國食品發酵工業研究院參加完成的“發酵與代謝調控關鍵技術及產業化應用”成果，榮獲2013年度國家科技進步二等獎（張五九副院長在獲獎人員中排名第二）。

中國食品發酵工業研究院釀酒研發部近年來在傳統食品（釀酒）發酵代謝調控機理及微生物代謝組學領域，從理論機理和生產應用開展了系統、深入的研究，取得了顯著的成績。張五九副院長率領釀酒研發部研究團隊，與華南理工大學等單位合作，共同開展“發酵與代謝調控關鍵技術及產業化應用”項目研究。該項目針對我國大宗優勢發酵食品及制品產業中存在的關鍵技術與基礎科學問題，進行了系統而深入的研究，獲得了一整套發酵與代謝調控共性關鍵技術，通過關鍵技術集成應用于工業化生產，成功解決了這些發酵產品在生產過程中菌種發酵性能差、生產原料利用率低、發酵周期長、產品質量不穩定和檔次低等多項技術難題，并取得一系列創新性成果，形成了系列高品質產品，創造出了顯著的經濟效益。